La organización de la FENDUP se desarrolla en tres niveles: nacional, regional y de base.
Niveles de organización
- Nacional: Federación Nacional.
- Regional: CREDUNORTE, CREDUCENTRO, CREDUCOSTACENTRAL, CREDUORIENTE y CREDUSUR.
- De base: sindicatos de docentes universitarios.
Las organizaciones de base se afilian mediante acuerdo del Congreso Nacional o de la Asamblea Nacional de Delegados. La Federación reconoce un sindicato representativo por cada universidad.
La página de Organización presenta los ámbitos regionales de cada CREDU.